Black Lagoon xoay quanh câu chuyện về một nhóm đánh thuê là Lagoon Company, vốn chuyên làm các việc phạm tội và buôn lậu hàng hóa quy mô lớn ở Đông Nam Á vào những năm 1990.[2] Căn cứ của nhóm nằm ở một thành phố giả tưởng ở Thái Lan là Roanapur (thuộc Mueang Trat, giáp biên giới Campuchia).[3] Thành phố này vốn nổi tiếng là thiên đường cho rất nhiều tổ chức vũ trang, các binh lính đào ngũ và tội phạm xã hội đen, cũng như một cộng đồng khổng lồ người Việt Nam tị nạn tại đây trốn chạy sau năm 1975 khi quân Bắc Việt tấn công Việt Nam Cộng hòa. Vì là tổ chức buôn lậu, nên tham gia làm ăn với các tổ chức xã hội đen và giết chóc là nghề ngón tủ của họ. Tuy nhiên họ lại có mối quan hệ khá tốt đến ngạc nhiên với Hotel Moscow — một tổ chức mafia Nga nổi tiếng là vô cùng tàn bạo. Hội buôn lậu này chuyên tham gia vào các hoạt động mua bán, trao đổi hàng hóa phi pháp trong khu vực và thậm chí là các chém giết thuê. Các thành viên trong hội thường dành cuộc vui ở quán rượu Cờ Vàng của Bảo (một cựu quân nhân Lục quân Việt Nam Cộng hòa), và luôn là tâm điểm nổi giận của Bảo vì quán của anh suốt ngày bị phá bởi những người này.